1907年东山一带地区有教友30余人，受当时交通工具所限，到石室天主堂过宗教生活很不方便，要求增设教堂。于是由石室天主堂出资和教友捐资一部分，在1910年建成东山天主堂。
1910年至1949年期间，天主教广州教区先后派遣朱珊泉、刘荫鋆、程时雍、马良等神父主持该堂教务。解放后教会房产由市房管部门代管。“文革”期间宗教活动停止。
2006年，教会收回该处房产，鉴于教堂已年久失修，木结构、墙体、尖塔、天面严重损毁，地板、门窗荡然无存，政府出资50多万元、教会自筹100多万元对教堂进行了全面修葺,现在教堂环境幽雅、气氛庄严，经历百年风雨的东山天主堂重焕生机。
东山天主堂是一座仿哥特式建筑，具有尖塔钟楼、尖拱顶门、尖拱形花窗、装饰线、砖砌十字拱等哥特式建筑特色，整体建筑呈十字型的天主堂特有格局。
该堂于2012年4月15日复堂。弥撒时间为星期一至星期六早上7:30，星期日上午10:00(英文)、下午3:00。
